Stemplės atrezija – tai įgimtas stemplės vientisumo pažeidimas, kai naujagimis gimsta neturėdamas stemplės atkarpos. Kartais stemplė baigiasi aklinai, o kartais ji jungiasi su kitais organais ir sudaro vadinamąsias fistules. Dažnai pasireiškia tracheoezofaginė fistulė, kai stemplės viršutinė dalis jungiasi su trachėja, todėl maistas ir seilės patenka ne į skrandį, o į bronchinį medį ir plaučius.
Stemplės atrezija pasitaiko daugmaž 1 naujagimiui iš 3000. Tikimybė, jog tai pačiai moteriai gims dar vienas naujagimis su stemplės atrezija yra mažesnė nei 1%. Nėra aišku, kas tiksliai sukelia šią patologiją, tačiau yra įvairių hipotezių, aiškinančių, jog šis embriono vystymosi metu atsiradęs defektas galėtų būti nulemtas įvairių genetinių ar teratogeninių (sukeliančių apsigimimus) aplinkos ar su motina susijusių veiksnių. Daugiau kaip pusė naujagimių, turinčių stemplės atreziją, turi ir kitų anomalijų. Kitų apsigimų tikimybė padidėja net iki 65%, jeigu stemplė baigiasi aklinai, nesudarydama fistulių.
Yra aprašyti įvairūs sindromai, į kurių sudėtį įeina stemplės atrezija. Pavyzdžiui, VACTERL sindromas, kuriam būdingi trys ar daugiau iš šių sutrikimų: stuburo deformacijos, anorektalinės malformacijos, širdies ir kraujagyslių defektai, tracheoezofaginiai defektai, stemplės atrezija, inkstų anomalijos, galūnių deformacijos. CHARGE sindromui būdinga: koloboma (akies obuolio dangalų arba vokų spraga), širdies ydos, šnervių atrezija, sulėtėjusi raida, lyties organų neišsivystymas, ausų anomalijos. Stemplės atrezija gali būti viena iš chromosominių anomalijų pasireiškimo požymių, pavyzdžiui 13, 18 ar 21 trisomijos. Taip pat stemplės atrezija gali būti susijusi su DiŽoržo sindromu, nervų sistemos, virškinimo sistemos, plaučių ar lytinių organų defektais.