Sergant hipertrofine kardiomiopatija dažniausiai paveikiamas kairysis širdies skilvelis ir tarpskilvelinė pertvara (ji skiria kairiąją širdies skilvelių ertmę nuo dešiniosios). Dėl ligos šių dalių raumuo padidėja, sustorėja (hipertrofuoja).
Hipertrofija gali būti simetrinė (vienodai padidėja kairiojo skilvelio siena ir tarpskilvelinė pertvara) arba asimetrinė (labiau hipertrofuoja tarpskilvelinė pertvara). Todėl kairiojo skilvelio ertmė iš įprastos, ovalios formos pasikeičia į banano formos ertmę. Ji mažėja, į skilvelį patenka vis mažiau kraujo ir širdies funkcija dėl to silpnėja.
Tik 30 % hipertrofinės kardiomiopatijos atvejų pažeidžiamas ir dešinysis širdies skilvelis.
Dėl širdies funkcijos mažėjimo palaipsniui gali išsivystyti širdies nepakankamumas. Kadangi į susiaurėjusią kairiojo skilvelio ertmę patenka mažiau kraujo, daugiau jo lieka kairiajame prieširdyje (į jį kraujas patenka iš plaučių venų, iš jo – į kairįjį skilvelį, kuris jį išstumia į kūną), todėl kairiojo skilvelio ertmė pamažu didėja ir gali sukelti prieširdžių virpėjimą.
Galima komplikacija – miokardo išemija, nes kraujas, atitekantis vainikinėmis širdies kraujagyslėmis, nebesugeba tinkamai aprūpinti medžiagomis ir deguonimi sustorėjusio širdies raumens. Miokardo išemija gali sukelti įvairias aritmijas, širdies raumens ląstelių (miocitų) žūtį.
Dėl aritmijų kartais susidaro trombai, kurie gali patekti į kitų audinių kraujagysles (embolizuotis) ir ten sukelti įvairių audinių infarktą.
Taip pat pacientus gali ištikti staigi mirtis. Didžiausia rizika – vaikams ar jauniems vyrams, kurių šeimoje yra buvę hipertrofinės kardiomiopatijos ar staigios mirties atvejų.